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Selon l’UICN, en 2004, 42 % des espèces de tortues sur les 305 espèces étudiées étaient menacées d’extinction. L’homme est l’un des acteurs majeurs des menaces pesant sur les tortues. La collecte des tortues dans leur milieu naturel est la plus ancienne des menaces qu’il fait peser sur ces animaux. Ces collectes, facilitées par la lenteur de l’animal et par son absence d’agressivité, du moins pour la plupart des espèces, ont plusieurs fins. Tout d’abord, les tortues sont une importante source d’alimentation pour diverses populations dans le monde.
La tortue est également souvent employée en médecine traditionnelle ou pour le développement de cosmétiques. Le développement de la terrariophilie est aussi une cause de collecte de tortues pour en faire des animaux domestiques. La consommation des œufs par les populations côtières a également un effet dévastateur sur les populations de tortues, surtout si elle se perpétue dans le temps. L’effet se trouve un peu différé, car on n’observe le déclin qu’au moment où la génération suivante doit commencer à se reproduire.
La pollution générale de l’environnement marin, y compris par les sacs en polyéthylène, les déchets en mer ou encore les filets et restes de filets dérivants, semble être l’une des causes principales de disparition d’espèces de tortues en mer. Sur terre, outre les pesticides (insecticides en particulier) utilisés par l’agriculture intensive et la mécanisation lourde, le « roadkill » (tortues écrasées sur les routes) est également une source croissante de mortalité de tortues. L’homme est également le principal destructeur d’habitats naturels des tortues, ce qui cause la disparition de celles-ci dans les régions concernées.
Par ailleurs, les tortues sont les proies d’une prédation naturelle. Les mammifères fouisseurs, d’autres reptiles ou les crabes se nourrissent d’œufs de tortue ou attaquent les jeunes. Ces jeunes tortues peuvent également être menacées par les oiseaux et les poissons. Une fois adultes, les tortues sont protégées par leur carapace et la prédation est beaucoup plus faible. Seuls quelques reptiles parviennent à la briser, comme, par exemple, le Crocodile de Cuba.
Les tortues sont également menacées par les parasites, comme les vers ou les tiques, ou par des éléments encore plus petits, comme les bactéries ou les champignons. Les évènements naturels tels que les incendies peuvent également contribuer à la destruction des habitats. Enfin les tortues marines sont menacées par la fibropapillomatose, une maladie du type herpes. Elle provoque des kystes qui grossissent et finissent par tuer la tortue contaminée. Cette maladie est plus présente sur les jeunes spécimens.